Τον Φετουλάχ Γκιουλέν και άλλα 27 άτομα, τα οποία σχετίζονται με διάφορες τρομοκρατικές -κατά τον ισχυρισμό των τουρκικών αρχών- οργανώσεις, μεταξύ αυτών και της FETO, παραπέμπει για την υπόθεση της δολοφονίας του Ρώσου πρέσβη το 2016, η τουρκική δικαιοσύνη.  

Σύμφωνα με όσα έγιναν γνωστά και τα οποία επιβεβαίωσε το διεθνές πρακτορείο Reuters, οι τουρκικές εισαγγελικές αρχές θεωρούν τον Φετουλάχ Γκιουλέν ως έναν εκ των βασικών υπόπτων για την οργάνωση της δολοφονίας του Αντρέι Καρλόφ στην Κωνσταντινούπολη, συνδέοντας τη συγκεκριμένη υπόθεση με το πραξικόπημα που εκδηλώθηκε στις 15 Ιουλίου 2016 για την ανατροπή και δολοφονία του Ρετζέπ Ταγίπ Ερντογάν, το οποίο «καταπνίγηκε» μέσα σε ελάχιστες ώρες.  

Ο Αντρέι Καρλόφ δολοφονήθηκε τον Δεκέμβριο του 2016, μέσα στο ρωσικό προξενείο, στην Άγκυρα. Ο ένοπλος δράστης είχε φωνάξει «ο Αλλάχ είναι μεγάλος» και «μην ξεχνάτε το Χαλέπι», ανοίγοντας πυρ εναντίον του Ρώσου πρέσβη.    

Ο Ρετζέπ Ταγίπ Ερντογάν είχε κατηγορήσει ευθέως τον Φετουλάχ Γκιουλέν ότι κρύβεται πίσω -και- από τη συγκεκριμένη δολοφονική ενέργεια. Τις κατηγορίες είχε απορρίψει ο μουσουλμάνος ιεροκήρυκας, ο οποίος έχει αναζητήσει άσυλο από το 1999 στις Ηνωμένες Πολιτείες.  

Οι κατηγορίες που απαγγέλθηκαν στον Φετουλάχ Γκιουλέν και τους άλλους 27 που παραπέμφθηκαν από την τουρκική δικαιοσύνη, είναι για «ανατροπή της συνταγματικής τάξης», «συμμετοχή σε τρομοκρατική οργάνωση» και «προμελετημένο φόνο».  

Στην έκθεση παραπομπής, ο Τούρκος εισαγγελέας υποστηρίζει ότι ο Φετουλάχ Γκιουλέν και οι συνεργάτες του είχαν σκοπό τη διατάραξη των σχέσεων Άγκυρας-Μόσχας. Τον Δεκέμβριο του 2016, οι σχέσεις μεταξύ των δύο χωρών ήταν ήδη τεταμένες, καθώς είχε προηγηθεί η κατάρριψη ενός ρωσικού αεροσκάφους από τουρκικά μαχητικά, στα σύνορα Συρίας-Τουρκίας.