Την έρευνα για τα οικονομικά πεπραγμένα της Κιβωτού του Κόσμου ανέλαβε ο εισαγγελέας Πρωτοδικών, Ιώαννης Σέβης, ο οποίος έδωσε παραγγελία στην Οικονομική Αστυνομία για εις βάθος έρευνα για τα οικονομικά της οργάνωσης και έντεκα φυσικών προσώπων, ανάμεσά τους ο πατέρας Αντώνιος και η πρεσβυτέρα.

Στο πλαίσιο της έρευνας θα διερευνηθούν τέσσερα κακουργήματα και συγκεκριμένα υπεξαίρεση, απιστία, φοροδιαφυγή και ξέπλυμα μαύρου χρήματος. Για τα πρώτα δύο αδικήματα απαιτείται έγκληση από τη νέα διοίκηση της Κιβωτού, ωστόσο εκτιμάται ότι αυτό θα συμβεί εντός της προθεσμίας που μετρά από την ολοκλήρωση του διαχειριστικού ελέγχου. Από την πλευρά της, όμως, η Εισαγγελία δεν δεσμεύεται να μην αρχίσει από τώρα την έρευνά της γι' αυτά τα αδικήματα.

Βάσει της παραγγελίας του κ. Σέβη στην Οικονομική Αστυνομία θα διενεργηθεί:
  • Φορολογικός έλεγχος την τελευταία 5ετία.
  • Γνωστοποίηση του πορίσματος του διαχειριστικού ελέγχου.
  • Έρευνα για το εάν έχουν χορηγηθεί εθνικές ή κοινοτικές επιχορηγήσεις.
  • Άνοιγμα τραπεζικών λογαριασμών για την τελευταία 5ετία τόσο της Κιβωτού όσο και 11 φυσικών προσώπων. Πρόκειται για τον πατέρα Αντώνιο και την πρεσβυτέρα, μέλη της οικογένειάς τους και μέλη των Δ.Σ. του Οργανισμού που έχουν εναλλαχθεί όλο αυτό το διάστημα.
Στο άνοιγμα των λογαριασμών για τα φυσικά πρόσωπα περιλαμβάνονται και κάρτες, μετοχές και κάθε άλλο χρηματοπιστωτικό προϊόν εντοπιστεί στην κατοχή τους.