Αντισυνταγματική κρίθηκε από το Συμβούλιο της Επικρατείας η από 7.9.2016 απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας Νίκου Φίλη με την οποία άλλαξε ο τρόπος διδασκαλίας του μαθήματος των θρησκευτικών στις τάξεις Γ΄ έως ΣΤ του Δημοτικού και του Γυμνάσιου.

Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο είχαν προσφύγει η Ιερά Μητρόπολης Πειραιά, ο Μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ Μεντζελοπουλος, η Εστία Πατερικών Μελετών, γονείς κ.λπ. και ζητούσαν να ακυρωθεί η επίμαχη απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας καθώς με αυτήν πραγματοποιείται μια ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα του μαθήματος των θρησκευτικών, αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του Ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του».

Η Ολομέλεια του ΣτΕ σήμερα, σε έκτακτη συνεδρίασή τη, δημοσίευσε την υπ΄ αριθμ. 660/2018 απόφασή της, με πρόεδρο τον Νικόλαο Σακελλαρίου και εισηγητή τον σύμβουλο Επικρατείας Ευθύμιο Αντωνόπουλο. Με την απόφαση αυτή ακύρωσε την επίμαχη υπουργική απόφαση. Η απόφαση αυτή του ΣτΕ, δεν αναφέρεται στη διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών στο Λύκειο, καθώς για το θέμα αυτό εκκρεμεί άλλη αίτηση ακύρωσης.

Συγκεκριμένα, το ΣτΕ έκρινε ότι η απόφαση του Νίκου Φίλη, είναι αντίθετη στο άρθρο 16 του Συντάγματος το οποίο ορίζει ότι η παιδεία αποτελεί βασική αποστολή του κράτους και μεταξύ των σκοπών της είναι η ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης, γιατί με το πρόγραμμα σπουδών που εισάγεται για το Δημοτικό και το Γυμνάσιο «φαλκιδεύεται ο επιβαλλόμενος από τη συνταγματική αυτή διάταξη σκοπός της ανάπτυξης, δηλαδή της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης των μαθητών στα ανήκοντα στην επικρατούσα θρησκεία της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας του Χριστού.

Επιπλέον, κρίθηκε ότι αντίκειται η επίμαχη υπουργική απόφαση στη διάταξη του άρθρου 13 του Συντάγματος που κατοχυρώνει ως απαραβίαστη την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης, γιατί η προσβαλλόμενη απόφαση θα έπρεπε να απευθύνεται αποκλειστικά στους Ορθόδοξους Χριστιανούς μαθητές και να κατατείνει στην εμπέδωση και συνέχιση της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης. Συνεπώς σύμφωνα με το ΣτΕ η προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση κλονίζει την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση που πριν από την έναρξη του σχολικού βίου διαμορφώνουν οι μαθητές το πλαίσιο του οικογενειακού τους περιβάλλοντος.

Επιπλεόν το ΣτΕ αναφέρει στο σκεπτικό του ότι η υπουργική απόφαση είναι ικανή να παρέμβει στον ευαίσθητο ψυχικό κόσμο των μαθητών που δεν διαθέτουν την κριτική αντίληψη των ενηλίκων και να τους εκτρέψει από την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση. Επίσης το ΣτΕ έκρινε ότι προσβάλλεται ευθέως το Πρώτο Πρόσθετο Πρωτόκολλο της ΕΣΔΑ γιατί στερεί από τους μαθητές του Ορθόδοξου Χριστιανικού δόγματος το δικαίωμα να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα, τις ηθικές αξίες και τις παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας του Χριστού, ενώ η νομοθεσία προβλέπει για μαθητές Ρωμαιοκαθολικούς, Εβραίους και Μουσουλμάνος να διδάσκονται αυτοτελώς το μάθημα αυτό. Σε άλλο σημείο οι σύμβουλοι Επικρατείας επισημαίνουν ότι η προβλεπόμενη διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών κατά την απόφαση του Νίκου Φίλη δεν είναι ικανή να ανάπτυξη, εμπεδώσει και να ενισχύσει όπως επιβάλλεται από τη διάταξη του άρθρου 16 του Συντάγματος την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση των μαθητών, γιατί η διάταξη αυτή α) είναι ελλιπής κατά περιεχόμενο, β) δεν είναι αυτοτελής, αμιγής και διακριτική σε σχέση με τη διδασκαλία στοιχείων αναφερομένων σε άλλα δόγματα ή θρησκείες με αποτέλεσμα να προκαλείται σύγχυση στους μαθητές ως προς το περιεχόμενο της Ορθόδοξης Χριστιανικής διδασκαλίας καιγ) δεν είναι επαρκή από την άποψη του χρόνου που διατίθεται για το μάθημα των Θρησκευτικών.Παράλληλα, σύμφωνα με τους συμβούλους Επικρατείας, το πρόγραμμα σπουδών παρουσιάζει σοβαρές ελλείψει ως προς το περιεχόμενο της Ορθόδοξης Χριστιανικής διδασκαλίας, καθώς;

- Δεν γίνεται αναφορά στην Αγία Ομοούσιο και Αδιαίρετο Τριάδα την οποία επικαλούνται στην επικεφαλίδα τους όλα τα Ελληνικά Συντάγματα και

- Στη Γ΄ τάξη του Δημοτικού ο Ιησούς Χριστός παρουσιάζεται ως ξένος, ως προσδοκώμενος Μεσσίας, ως δάσκαλος που όλοι θαυμάζουν, ως αγαπημένος φίλος, όχι όμως ως Σωτήρας του κόσμου.