Μία από τις πιο δύσκολες στιγμές της οικογένειας Μητσοτάκη ήταν η δολοφονία του Παύλου Μπακογιάννη από τη «17 Νοέμβρη» τον Σεπτέμβριο του 1989. Ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, μιλώντας στη Βουλή των Ελλήνων για τον γαμπρό του είχε κάνει λόγο για «πολιτική δολοφονία».

Στο τέλος της ιστορικής ομιλίας του, εμφανώς συγκινημένος είχε ευχηθεί «το αίμα του Παύλου Μπακογιάννη να είναι το τελευταίο αίμα που χύνεται άδικα σε αυτό τον τόπο».

Όλοι οι βουλευτές που βρίσκονταν στην Ολομέλεια τον χειροκρότησαν, μεταξύ αυτών ο Χαρίλαος Φλωράκης και ο Λεωνίδας Κύρκος.

Είναι μία πολιτική δολοφονία που προστίθεται σε μία μακρά αλυσίδα δολοφονιών που προηγήθηκαν. Αποτελεί σκληρό πλήγμα για τη Νέα Δημοκρατία και αποτελεί δεινή δοκιμασία για μένα και την οικογένειά μου. Πρέπει όμως αυτή την ώρα της μεγάλης δοκιμασίας να σταθούμε όλοι μας όρθιοι. Να προστατεύσουμε τη Δημοκρατία και τους θεσμούς της. Σε ότι με αφορά, μία ευχή έχω να εκφράσω: να είναι το αίμα του Παύλου Μπακογιάννη το τελευταίο αίμα που χύνεται άδικα σε αυτό τον τόπο.