Αρνήθηκε την οποιαδήποτε εμπλοκή της κυβέρνησης στην απόφαση για τη χορήγηση άδειας στον Δημήτρη Κουφοντίνα ο υπουργός Δικαιοσύνης Σταύρος Κοντονής.   Μιλώντας στον ΑΝΤ1, ο κ. Κοντονής είπε ότι ήταν μια απόφαση του συμβουλίου των φυλακών, χαρακτηρίζοντας «δολιότητα πρώτου βαθμού το να λέει κάποιος ότι η κυβέρνηση τοποθέτησε εισαγγελέα».  

«Εμείς», είπε ο Σταύρος Κοντονής, «καταργήσαμε τις φυλακές τύπου Γ’ που ξέρετε ότι λειτούργησαν για ένα μικρό χρονικό διάστημα και δημιούργησαν πολλά περισσότερα προβλήματα από αυτά τα οποία πήγαν να λύσουν» και χαρακτήρισε γελοίο των ισχυρισμό πως οι φυλακές αυτού του τύπου καταργήθηκαν για να παίρνουν κάποιοι άδεια.  

Μάλιστα, όπως τόνισε ο υπουργός Δικαιοσύνης, οι κατηγορίες προέρχονται από τη ΝΔ, την ώρα που είναι γνωστό ότι επί των ημερών της πήραν άδεια εμπλεκόμενοι με την τρομοκρατία (Χ. Ξηρός) και δραπέτευσαν.  

Σε ό,τι αφορά στο ζήτημα της μεταμέλειας, ο κ. Κοντονής τόνισε ότι το ζήτημα της μεταμέλειας δεν τίθεται σε περιπτώσεις όπου κρίνεται η άδεια από τις φυλακές. Ο Συνήγορος του Πολίτη έκρινε το 2008 ότι η μεταμέλεια δεν μπορεί να διαλαμβάνεται στον νόμο γιατί είναι μη νόμιμη αυτή.  

Ωστόσο και σε ό,τι αφορά στην πιθανότητα απόδρασης ή εγκληματικών πράξεων κατά τη διάρκεια της άδειας, ο υπουργός Δικαιοσύνης απάντησε ότι «θα κριθεί η εκτίμηση του συμβουλίου ότι δεν θα κάνει κακή χρήση της άδειας που του εδόθη».