Το θέμα της ονομασίας της Μακεδονίας απασχόλησε τη Διαρκή Ιερά Σύνοδο της Εκκλησίας. Όπως είχε προαναγγείλει ουσιαστικά ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών Ιερώνυμος, η Εκκλησία δε μπορούσε να μείνει αμέτοχη στο θέμα της ονομασίας και εξέδωσε ανακοίνωση στην οποία τονίζει πως από πλευράς της, δεν θα γίνει αποδεκτή η πιθανότητα να υπάρχει ο όρος «Μακεδονία» στην ονομασία της γειτονικής χώρας.

Έκρουσαν μάλιστα τον κώδωνα του κινδύνου στη κυβέρνηση, τονίζοντας πως ο όρος είναι καθαρά ελληνικός από αρχαιοτάτων χρόνων (όπως αναφέρουν χαρακτηριστικά) και ενδεχόμενη χρήση της λέξης από την ΠΓΔΜ θα προκαλέσει ενδεχομένως και επιπτώσεις στην ονομασία της σχισματικής αυτοαποκαλούμενης εκκλησίας της «Μακεδονίας».

Μάλιστα στην ανακοίνωσή τους αναφέρουν χαρακτηριστικά πως η Εκκλησία έχει μαρτυρήσει με το λόγο και το αίμα του κλήρου και λαού την ελληνικότητα της Μακεδονίας. 

Αναλυτικά η ανακοίνωση:

«Συνήλθε χθες και σήμερα η Διαρκής Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος της 161ης Συνοδικής Περιόδου, για τον μήνα Ιανουάριο, υπό την προεδρία του Μακαριωτάτου Αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. Ιερωνύμου.

Κατά τη χθεσινή και σημερινή Συνεδρία:

Εξ αφορμής της έντονης διπλωματικής κινητικότητας που υπάρχει για το θέμα των Σκοπίων, και εν συνεχεία της από 15.12.2017 Ανακοίνωσής Της περί της σχισματικής Εκκλησίας των Σκοπίων η Δ.Ι.Σ. συμμεριζόμενη την αγωνία των Ιεραρχών που διαποιμαίνουν τις Ιερές Μητροπόλεις στην περιοχή της Μακεδονίας, αλλά και του λαού, με Απόφασή Της υπενθυμίζει ότι η Εκκλησία έχει μαρτυρήσει με το λόγο και το αίμα κλήρου και λαού την ελληνικότητα της Μακεδονίας από αρχαιοτάτων χρόνων, γι’ αυτό και δεν μπορεί να αποδεχθεί την απονομή του όρου «Μακεδονία» ή παραγώγου του ως συστατικού ονόματος άλλου Κράτους, το οποίο θα έχει επιπτώσεις και στην ονομασία της σχισματικής αυτοαποκαλούμενης εκκλησίας της «Μακεδονίας».

Αναμένει δε από την υπεύθυνη Ελληνική Κυβέρνηση, η οποία διαχειρίζεται το θέμα, να κατανοήσει την ανησυχία Της, που είναι και ανησυχία του οικουμενικού ελληνισμού.

Η Δ.Ι.Σ. αποφάσισε να συγκληθεί εκτάκτως η Ιερά Σύνοδος της Ιεραρχίας της Εκκλησίας της Ελλάδος την Τετάρτη 7 και την Πέμπτη 8 Φεβρουαρίου».