Πρωτοφανή επίθεση κατά της Εκκλησίας εξαπέλυσαν κυβερνητικοί κύκλοι μετά την ανακοίνωση της Ιεράς Συνόδου για το θέμα της ονομασίας των Σκοπίων στην οποία ξεκαθαριζόταν ότι η Εκκλησία «δεν μπορεί να αποδεχθεί την απονομή του όρου "Μακεδονία" ή παραγώγου του ως συστατικού ονόματος άλλου κράτους, το οποίο θα έχει επιπτώσεις και στην ονομασία της σχισματικής αυτοαποκαλούμενης Εκκλησίας της "Μακεδονίας"». 

Στη διαρροή που έκαναν οι κυβερνητικοί κύκλοι ταύτιζαν την ηγεσία της Εκκλησίας με τη Χρυσή Αυγή ενώ, μεταξύ άλλων, εξέφραζαν ερωτήματα για το αν η ηγεσία της Εκκλησίας αποφάσισε να κάνει ανοιχτή παρέμβαση στις πολιτικές υποθέσεις της χώρας. Συγκεκριμένα έθεταν πέντε θέματα:  

- άραγε η ηγεσία της Εκκλησίας αποφάσισε να συμπορευτεί με το νεοναζιστικό μόρφωμα της Χρυσής Αυγής;  

- εξέφραζαν απορία αν η ηγεσία της Εκκλησίας «αποφάσισε να κάνει ανοιχτή παρέμβαση στις πολιτικές υποθέσεις της χώρας», και πρόσθεταν ότι καθώς ήδη με την κριτική της έχει ξεπεράσει τα όρια των «αρμοδιοτήτων» της, «μήπως να μας πει κιόλας η Εκκλησία και ποιο όνομα θέλει, για να το διαπραγματευτεί η κυβέρνηση με τα Σκόπια;».  

- η ηγεσία της Εκκλησίας δεν μπήκε καν στον κόπο να ρωτήσει την κυβέρνηση και να ενημερωθεί για την πορεία των διαπραγματεύσεων.  

- η ηγεσία της Εκκλησίας, όπως δηλώνει ρητά και κατηγορηματικά ότι δεν θέλει να εμπλέκεται το κράτος στις «ιερές υποθέσεις» της, θα πρέπει να γνωρίζει, εξίσου ξεκάθαρα, ότι επιβάλλεται να μην εμπλέκεται και η ίδια στις κρατικές και διπλωματικές υποθέσεις. Ειδικά σε τέτοια σοβαρά ζητήματα εξωτερικής πολιτικής.  

- η ηγεσία της Εκκλησίας, η οποία δηλώνει ότι «κόπτεται» για τα εθνικά θέματα, επιβάλλεται να είναι ιδιαίτερα προσεκτική και να εστιάζει στο εθνικό συμφέρον και όχι στην εξυπηρέτηση ιδιωτικών συμφερόντων ιεραρχών, και πολύ πιθανώς, των προσωπικών πολιτικών «συγγενειών» τους, με πρόσχημα δήθεν τις ανησυχίες του «ποιμνίου» τους για το ονοματολογικό.