Μετά την αναχώρησή του από το Όρος Σινά, όπως είδαμε στο πρώτο μέρος του ντοκιμαντέρ, ο Γέροντας Παΐσιος το 1964 επιστρέφει στο Άγιον Όρος και δεν έφυγε ποτέ από τότε.
Η σκήτη που τον φιλοξενεί είναι των Ιβήρων. Το 1966 αρρωσταίνει και γίνεται εισαγωγή στο νοσοκομείο Παπανικολάου. Αποκτά πρόβλημα στους πνεύμονες, όπου αφαιρείται κομμάτι από αυτούς με εγχείρηση και μετά επιστρέφει στο Άγιον Όρος. Μετά την ανάρρωσή του το 1967, μετακινείται στα Κατουνάκια, στο κελί του Υπάτου. Το επόμενο έτος μεταφέρεται στη μονή Σταυρονικήτα. Βοηθά για την ανακαίνιση του ναού. Βοηθά σαν ψάλτης τον γέροντα Τύχωνα και συνδέεται μαζί του.
Η φιλία μεταξύ τους τερματίζεται με τον θάνατο του γέροντος τύχωνος το 1968. Ο Γέροντας Παΐσιος μένει στο κελί του γέροντα για έντεκα χρόνια. Το 1979 αφήνει τη σκήτη του Τιμίου Προδρόμου και πηγαίνει στη Μονή Κουτλουμουσίου. Εισχωρεί στη μοναχική αδελφότητα ως εξαρτηματικός μοναχός. Η Παναγούδα ήταν μια σκήτη κατεστραμμένη και ο Γέροντας Παΐσιος εργάστηκε σκληρά για να φτιάξει ένα κελί και εκεί έμεινε μέχρι και το τέλος της ζωής του.
Από τότε που εγκαταστάθηκε στην Παναγούδα πολλοί άνθρωποι τον επισκέπτονταν. Το πρόγραμμά του ήταν πολύ βεβαρημένο αλλά συνέχιζε την έντονη ασκητική ζωή, ξεκουραζόταν ελάχιστα, 2 με 3 ώρες την ημέρα. Δεχόταν όμως πάντα και προσπαθούσε να βοηθήσει τους επισκέπτες.
Μετά το 1993 παρουσίασε αιμορραγίες αλλά δεν ήθελε να νοσηλευτεί. Τον Νοέμβριο του 1993 ο Γέροντας Παΐσιος βγαίνει για τελευταία φορά από το Όρος και πηγαίνει στη Σουρωτή, στο Ησυχαστήριο του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου για τη γιορτή του Αγίου Αρσενίου (10 Νοεμβρίου). Μένει για λίγες μέρες και ενώ ετοιμάζεται να φύγει, μεταφέρεται στο Θεαγένειο, όπου του γίνεται διάγνωση για όγκο στο παχύ έντερο. Στις 4 Φεβρουαρίου 1994 ο γέροντας χειρουργείται. Η ασθένεια όμως δεν σταμάτησε (παρουσίασε μεταστάσεις στους πνεύμονες και στο ήπαρ). Ο γέροντας ανακοίνωσε την επιθυμία του να επιστρέψει στο Άγιον Όρος στις 13 Ιουνίου.
Ο υψηλός πυρετός όμως και η δύσπνοια τον ανάγκασαν να παραμείνει. Στα τέλη του Ιουνίου οι γιατροί τού ανακοινώνουν ότι έχει ζωή ακόμα για δύο με τρεις εβδομάδες το πολύ. Τη Δευτέρα 11 Ιουλίου ο γέροντας κοινώνησε για τελευταία φορά γονατιστός μπροστά στο κρεβάτι του. Τις τελευταίες μέρες της ζωής του αποφάσισε να μην παίρνει φάρμακα ή παυσίπονα, παρά τους φρικτούς πόνους της ασθένειάς του. Την Τρίτη 12 Ιουλίου 1994 το απόγευμα έγινε γνωστό ότι ο γέροντας είχε περάσει πια στην αιωνιότητα και τάφηκε στο Ιερό Ησυχαστήριο του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στη Σουρωτή Θεσσαλονίκης.
Ντοκιμαντέρ: Άγιος Παΐσιος, ο ασυρματιστής του Θεού, β' μέρος
